Я подумал, что если сборщик жалуется на отсутствие /etc/service/unicorn/run, а именно этот путь удаляется, то я попробовал закомментировать команду удаления. 
Сработало.
Возможно, кто-то с более глубокими знаниями во всём этом захочет проверить и внести обновление в скрипт на Github. Я тоже мог бы сделать PR, но без знаний во всём этом не хочу.
Но переход с Ubuntu на Debian действительно многое меняет, правда.