Это моё понимание новичка, которое может быть полезным для вашего ещё более новичкового понимания, но, скорее всего, технически неверно с точки зрения того, кто действительно разбирается в этом.
Я так не думаю. Мне кажется, он просто работает, так как находится в директории initializers. Насколько я помню, скелет включает инициализатор с console.log, чтобы вы могли видеть, что он выполняется.
(Я думаю,) Запускать их в скрипте нужно только в том случае, если вы добавляете их в компонент темы UX по-старинке, а не по-новому — размещая файлы в правильных местах.