Я только что протестировал это в версии Discourse 2.9.0.beta3, однако мне не удалось воспроизвести проблему.
В частности, я создал группу тегов с настройками, аналогичными описанным вами, а именно: «Теги видны всем, но использовать их могут только следующие группы», затем выбрал две группы и нажал «Сохранить».
После перезагрузки обе группы были видны, и при нажатии на меню «Теги видны всем…» можно было снять выделение с обеих групп.
Я использовал Chrome версии 99.0.4844.84 для доступа к Discourse, а также протестировал ситуацию с другим администратором на сайте, используя Firefox 91.7.1esr, но всё равно не смог воспроизвести проблему.
Надеюсь, это поможет пролить свет на эту ошибку.