Parece que seu launcher está exagerando e cortando um pouco mais do que a "Área segura mínima" para ícones mascaráveis 
.
Marcamos os ícones PWA como Mascaráveis por padrão, para que eles possam ser cortados por cada launcher, a fim de não poluir a tela inicial com fundo branco ao redor dos ícones.
A desvantagem é que você não tem controle total sobre a aparência final, pois ela será ligeiramente cortada de forma diferente em cada launcher.
Você pode ver prévias em Maskable.app
Eu meio que gosto de como ficou no meu Pixel.
