Si tuviera este problema, tendría dos o tres ventanas de terminal abiertas. Una para ejecutar la reconstrucción, otra para tomar notas sobre el tiempo transcurrido y para anotar dónde ocurren las largas demoras entre las actualizaciones del registro, y la última para mantener un registro de la actividad de la máquina: probablemente ejecutando vmstat 5
Cuando llegues a un punto en el que el registro no se actualiza durante un tiempo sospechosamente largo, toma nota de la actividad informada por vmstat.
Publica aquí extractos adecuados del registro con tus notas y la salida correspondiente de vmstat.
Parece muy probable que sean partes específicas de la reconstrucción las que llevan tiempo: lo que hay que hacer es averiguar qué partes y ver qué está haciendo la máquina en esos momentos.
Probablemente también tomaría una instantánea de la actividad de la máquina con ps auxf durante las pausas.