Не у всех администраторов есть доступ к командной строке, а те, у кого он есть, не всегда хорошо с ней знакомы.
Кроме того, это требует пересборки, которая происходит не мгновенно, может иметь побочные эффекты и потенциально привести к проблемам.
Обновление плагина также требует пересборки, тогда как обновление компонента темы осуществляется одним кликом.