Пытаюсь заменить/автоматически форматировать строки в сообщениях пользователей

Конечно, это должно быть возможно. У вас есть API для оформления обработанного поста.
Например: decorateCookedElement

Можете ли вы показать визуальный пример того, чего именно вы пытаетесь достичь?