Мое понимание таково: это сделано для удобства поддержки. CDKC использует версию с открытым исходным кодом. Они зарабатывают на хостинге, и эти средства идут на бесплатную поддержку официальной поддерживаемой версии.
Здесь есть руководство по разделению контейнеров: Multisite configuration with Docker
Нам удалось запустить экземпляр под docker-compose, так что то, к чему вы стремитесь, вполне реализуемо.