При добавлении пользовательского раздела боковой панели вы можете сделать его (все ссылки в этом разделе) видимым для всех или создать только для себя. Именно для этого предназначено флажок.
Первый раздел боковой панели всегда виден всем, изменить это нельзя. Как правило, ссылки, добавленные в этот раздел, видны всем. Поэтому, если вы добавите ссылку на категорию, которую видят только некоторые пользователи, те, кто не имеет доступа, всё равно увидят эту ссылку. Однако ссылки на панель администратора и очередь проверок не видны всем.
Существует компонент темы Navigation (sidebar) menu display control, который позволяет показывать или скрывать раздел, например, для посетителей.