正確にはわかりませんが、制限付きカテゴリでのみ使用されている場合にタグを表示するかどうかを決定する際に、何らかの困難が生じる可能性があります。Include secure categories in tag counts（セキュアカテゴリをタグカウントに含める）サイト設定が有効になっている場合、制限付きカテゴリのタグは誰にでも表示されると思います。
しかし、設定が無効になっていて、かつ公開カテゴリの少なくとも1つのトピックに適用されている場合、権限に基づいて正しいカウントでタグリストにもタグが表示されると思います。そのため、制限付きカテゴリでのみ使用されている場合に非表示になる理由がわかりません。