Isso parece mais um problema com a URL e o commonmark. Se você equilibrar os parênteses de abertura e fechamento adicionando )))))) ao final, o link markdown é analisado corretamente.
[link](https://www.depotlegal.be/Depot/form.aspx?SC=KBRVITRINE1#/Search/(query:(AdvancedQuery:(queryGroups:!((queryClauses:!((index:KBR264b_idx,logical:0,operator:0,otherValue:!n,value:'petites%20singularit%C3%A9s'))))))))
Isso corresponde ao comportamento na Especificação CommonMark, que o motor markdown-it segue (usado pelo Discourse).
uma sequência não vazia de caracteres que não começa com
<, não inclui caracteres de controle ASCII ou caracteres de espaço, e inclui parênteses apenas se (a) eles forem escapados com barra invertida ou (b) eles fizerem parte de um par balanceado de parênteses não escapados. (Implementações podem impor limites ao aninhamento de parênteses para evitar problemas de desempenho, mas pelo menos três níveis de aninhamento devem ser suportados.)
Isso também pode ser testado na demonstração do markdown-it.