Ok, resolvi os problemas com entradas ausentes no histórico do git e commits aparecendo como removidos quando na verdade não estavam.
Isso acabou sendo um caso interessante. A alteração foi portada para o branch de lançamento, então os commits mostrados estavam tecnicamente corretos. Eles simplesmente têm hashes de git diferentes.
Para deixar isso mais claro, agora estou mostrando ambos os PRs para cada branch.
Eu também corrigi uma série de problemas menores. Agora você verá se um commit pertence apenas ao latest ou a ambos os branches, e indicará quando uma string foi apenas movida para um arquivo diferente sem quaisquer alterações reais.
Se você encontrar quaisquer outras inconsistências, por favor me avise.