Я считаю, что любой из первых двух вариантов предпочтительнее, хотя лично мне второй кажется наилучшим.
В текущем виде раздел закладок скрыт глубоко в меню (и я бы почти сказал, что на мобильных устройствах он совершенно не интуитивен). В большинстве случаев, думаю, прямая ссылка на несколько нужных тем была бы гораздо полезнее, чем, скажем, категории, потому что для большинства сайтов (особенно если речь об эффективности, что и является основной целью использования боковой панели) у них нет такого обширного набора категорий, чтобы одно нажатие на раздел ___ было более удобным/экономило время/подходило для любого сценария использования. Конечно, это зависит от конкретного сайта: у некоторых много новых тем в категориях, у других — много постов в конкретных темах внутри категорий. Но даже рассматривая это так, я бы сказал, что отмеченные/подписанные темы будут как минимум столь же полезны, актуальны и helpful, как теги и категории. На моём сайте есть и то, и другое, но все мои пользователи имеют несколько (разных) конкретных тем, которые их больше всего интересуют, а затем просто просматривают общие категории.
Кроме того, уже есть прецедент размещения элементов одновременно в боковой панели и в меню: и входящие сообщения (PM Inbox), и каналы чата (Chat channels) (на мой взгляд) гораздо легче доступны с любой страницы из их обычного места в правом верхнем углу, чем переход к закладкам, который требует полного ухода со страницы в настройки.
Отложив всё это в сторону, если бы это выглядело слишком перегруженно, вариант №1 выполнял бы аналогичную полезную функцию. Старое «гамбургер-меню» имело плагин выбора темы, который был НАМНОГО удобнее, чем навигация через несколько меню для смены темы (буквально два клика с любой страницы), и я бы не удивился, если бы при проведении опроса значительный процент пользователей даже не знал, что может сменить тему в своём профиле, если бы его специально не направили туда (тогда они бы вспомнили), по сравнению с тем, чтобы видеть это в главном меню (не говоря уже об удобстве). На мой взгляд, это ещё более актуально для закладок. Выбор темы также был возвращён в обновлённую боковую панель: он отображается внизу, рядом с меню сочетаний клавиш, что делает его фантастически доступным и сразу заметным.
Если бы боковой панели не существовало, у меня не было бы особых возражений против её изменения, но поскольку она есть (и в ней сравнительно много места), это логично с учётом её текущего использования. Вы даже можете сделать так, чтобы сами разделы боковой панели (теги/категории/закладки) можно было включать/выключать пользователями, если есть опасения по поводу перегруженности (вы уже можете просто оставлять их пустыми).