Una nuova versione Stable viene rilasciata circa due volte l’anno, quindi se riesci ad aspettare un paio di mesi puoi attendere il rilascio della prossima versione Stable. 
Non sono sicuro al 100% se questo risolverà magicamente tutto, dato che potrebbe essere un aggiornamento “spigoloso” considerando che hai la 3.1.0beta4 invece della 3.0.3 Stable, ma penso che potrebbe andare bene. 
Oppure puoi tornare a usare tests-passed nel tuo app.yml e avere una versione aggiornata che dovrebbe risolvere tutto. Solo per verificare, si tratta di un’installazione standard?