ここで OP まで導く質問は、おそらく次の点でしょう。
ピン留めはトピックリストの順序を無視すべきでしょうか？現状では「最新」を表示する際、ピン留めされたトピックもそうでないトピックも、すべて bumped_at でソートされています。
リストの順序をいじると、ピン留めされたトピックとそうでないトピックの両方の順序に影響してしまいます。
この機能リクエストには共感しますし、変更自体は些細なものです。
トピックリストの順序に関係なく、ピン留めされたトピックを「pinned_at」日付に基づいて一貫してソートすることも可能です。必要な情報はすでに揃っており、変更のコストも低いです。
サイト運営者にとっての利点は、最も重要なピン留めトピックを常にトップに保つことが容易で、一貫して行えることです（トップに表示したい場合は、一度ピン留めを外して再度ピン留めすれば OK です）。