Я считаю, что Hypothesis может получать доступ к закрытым страницам, если пользователь вошел в систему.
Добавить аннотацию можно, но правильный путь к странице будет указан только в том случае, если сначала открыть её через функцию «Поделиться ссылкой на эту страницу».
Если сделать так, аннотация создается корректно. В противном случае аннотации становятся «сиротами».
Вот пример:
По ссылке, как здесь: