Estoy de acuerdo en que la función de ignorar/silenciar usuario podría refinarse más, me pareció un poco torpe, así que normalmente no la uso.
Lo que describiste sí parece un error, sin embargo, técnicamente, si estás ignorando a alguien, eso significa que no has leído nada de lo que se está ignorando, por lo que es preciso que los hilos sigan apareciendo como no leídos por completo.