А, я вижу, вы правы — это действительно связано. На случай, если вы не знали: при объединении сообщений вы можете скопировать номер ID темы из URL сообщения, в которое хотите объединить, в поле «Существующее сообщение». Можете попробовать это сделать и посмотреть, что получится?
Посмотрите на адреса электронной почты во вкладке «Raw» (Исходный текст). Они должны выглядеть примерно так:
<incoming+b249a23e7e545288e8dac00808ba154c@ВАШ_ДОМЕН>
Если же вы видите другой адрес электронной почты, например тот, который используется для создания новых тем по почте в вашей категории, то это и есть причина проблемы.
Сторона Discourse ничего не может сделать для исправления этого — вам нужно будет обсудить это с людьми, с которыми вы общаетесь, или просто мириться с этим и перемещать ответы вручную, как я предложил выше, если вы хотите держать их вместе.