Пытаюсь заменить/автоматически форматировать строки в сообщениях пользователей

Отлично! Похоже, что decorateCookedElement — это именно то, что мне нужно (согласно примечанию @Arkshine).

Я также нашел эту тему с отличными примерами фильтрации по интересующим элементам:
Как запустить скрипты после рендеринга HTML темы в DOM? - dev - Discourse Meta

В частности, мне очень помогло следующее:

$.fn.doSomething = function() {
  const targetElement = $(this).children("[data-theme-test]").length;
  if (!targetElement) return;

  // выполните необходимые действия
  
  return this;
};

api.decorateCooked($elem => $elem.doSomething(), { onlyStream: true });

Спасибо!