Да, нативные объявления (рекомендательные объявления) можно размещать в компоненте темы. Плагин не требуется.
Отображение в верхней части страницы темы реализовано в одном файле в директории с именем javascripts/<plugin-name>/connectors/topic-above-post-stream/<plugin-name>.hbs. Вставьте код для объявления в этот файл.
Не уверен, что для поддержки объявлений Amazon нужен плагин ad-plugin.