Я не эксперт в области канонизации, поэтому не должен говорить здесь ничего ошибочного. Но я почти уверен, что это не связано. Насколько мне известно, разметка вообще не используется в процессе канонизации. И хотя, возможно, можно запутать системы, сделав неканонический URL с разметкой, утверждающей mainEntityOfPage: <канонический-URL> (так что казалось бы, что разметка утверждает, что это основной пост с другой страницы), я пока не сталкивался с подобным.
Кстати, раз уж мы заговорили об этом, Discourse сейчас утверждает, что каждый комментарий/не первый пост является mainEntityOfPage: <url>. Я считаю, что после внесения исправления это также будет верно. Это также сбивает с толку механизм обнаружения (и означает, что нам придется полностью отказаться от этого утверждения). Мне кажется, что с этим исправлением у нас будет достаточно сигнала, чтобы предотвратить проблемы сейчас, но, вероятно, лучше использовать это только для первого поста.