Creo que el color primario del encabezado solo se aplica al encabezado nativo de Discourse, no a las áreas que muestras en tu primera captura de pantalla, que son personalizadas.
Probablemente necesites personalizar esto con CSS.
Puedes ir allí y aprender cosas útiles al respecto. Te ayudará mucho la próxima vez que necesites una personalización así: