Discourse の最新バージョンで、無視およびミュートされたユーザーについてテストしたところ、私がウォッチしているトピックへの返信は、トピックリストで未読の投稿として表示されることがわかりました。また、無視されたユーザーが作成した返信も、トピックを私の「未読」リストに表示させる原因となります。
トピックを開くと返信数が消えます。これは期待通りの動作だと思いますが、ミュートまたは無視されたユーザーが作成した返信の詳細が表示されないことをユーザーが期待するのは理解できます。
私が確認した内容では、あなたのサイトでお困りのユーザーの状況は説明できません。彼らが報告している事象は、以下の箇所で説明されている問題と似ています：https://meta.discourse.org/t/cant-dismiss-unread-if-last-post-is-an-assign-or-whisper/131823。これは過去に何度か報告されたバグですが、Discourse の最新バージョンでは再現できませんでした。