Входящие ответы на письма не относятся к одной теме

Интересно, не связано ли это с тем, что ключи ответов работают некорректно.
Я нашел довольно старую тему: Reply own mail creates new topic - #2 by gerhard
Возможно, стоит отключить опцию «Найти связанное сообщение по ключу», чтобы проверить, улучшит ли это ситуацию.